Osmanlı padişahlarının yirmi ikincisi ve İslâm halifelerinin seksen yedincisi. Sultan Dördüncü Mehmed'in Râbia Gülnûş sultandan oğlu olup 5 Haziran 1664'te İstanbul'da doğdu. Devrin âlimlerinden iyi bir tahsil gördü. Devlet idâresi ve harp oyunlarını öğrendi. Mahâretli bir okçu ve silahşördü. İkinci Ahmed Hanın 6 Şubat 1695'te vefâtıyla tahta çıktı. Padişah olduğundan, Osmanlı Devleti on iki yıldan beri Avusturya, Lehistan, Rusya ve Venediklilerle harp ediyordu. Gayretli ve kahraman bir hükümdar olan Sultan Mustafa Han, tahta çıkışının üçüncü günü sadrazama gönderdiği fermânda;

''Cenâb-ı Hak, bu âciz, bu günâhkar kuluna bir cihân padişahlığı ihsân etti. Padişahların hangisi zevk ve sefâya; kendi nefsinin râhatına düşmüş ise, eli altındaki memleketlerinin ve tebeasının huzûru ve râhatı kaçmıştır. Biz, bugünden zevki  ve sefâyı kendimize haram kıldık. Düşmana karşı ceddim (Kânuni) Sultan Süleymân gibi kendim sefere çıkmaya kat'i niyet ettim. Sizler ki veziriâzamım, vüzerâ, ulemâ, vükelâ ve ocak ağalarısınız, cümleniz bir yere gelip, bu hatt-ı hümâyûnumu okuyup düşününüz, gazâya gitmem mi makbul, yoksa Edirne'de oturup, kalmamız mı münâsip? Din ve devlet ve halka hangisi faydalı, Allah için söyleşüp, doğruyu bana bildiriniz vesselâm.'' buyurarak vazifeye başladı. Bu hatt-ı hümâyûn devlet adamlarını, âlimleri, kumandanları, askerleri ve ahâliyi çok memnun edip coşturdu. Hocası Seyyid Feyzullah Efendiyi yanından ayırmayıp, sultanlığında da çok istifâde etti. Ordunun başında sefere karar verip, saltanatının ilk günlerinde sevindirici zaferler kazanıldı. 18 Şubat 1695'te sakız Adasının Venedik İşgâlinden kurtarılmasını temin eden Koyun Adaları Zaferi kazanıldı. Venediklilerin sekiz harp gemisi ve bir cephânesini zapt eden Koyun Adaları Zaferi kumandanlarından kalyonlar kaptanı Mezemorta hüseyin Paşa, Kaptan-ı deryâlığa yükseltildi. Venediklilerin Sakız'a tekrar saldırmasıyla Mezemorta Hüseyin paşa 15 Eylül 1695'te düşmanı çekilmeye mecbûr etti. Venedik, donanmasını tâkip eden Hüseyin paşa 18 Eylül 1695'te Midilli'nin Zeytinburnu açıklarındaki deniz muhârebesinde de parlak bir zafer kazanarak düşmanın on üç gemisini tahrip etti.

Sultan İkinci Mustafa Han, 30 Haziran 1695 târihinde Avusturyalıların işgâlindeki Macaristan'ı kurtarmak için ilk Avusturya seferine çıktı. Belgrad'da 9 Ağustos'ta topladığı harp Divanında Janova- Lippa, Lugos ve havâlisinin işgalden kurtarılmasına karar verildi. 9 Eylül'de Lippa Kalesi feth edildi. 22 Eylül 1695'te Kırım Hanı Selim Giray'ın da  iştirâk ettiği Lugos Muhârebesinde Osmanlı ordusu gâlip geldi. Lugos zaferinden sonra Sultan Mustafa Han, sefer mevsimi geçtiğinden, 18 Kasım 1695'te İstanbul'a döndü. Rus Çarı Deli Petro, Karadeniz'e inmek için Azak Kalesini üç aydan fazla kuşatmışsa da, muvaffak olamamıştı. 13 Ekim 1695'te elli bin ölü vererek Azak2tan çekilen Deli Petro, Kefe Beyl erbeyi Mustafa paşa ve Kırım Kalgayı Kaplan Giray'ın tâkibi sonucu daha da kayıp verdirilerek ateşli silahları zapt edildi. Azak yenilgisinin öcünü almak isteyen  Deli Petro, Venedik, Avusturya, Hollanda ve Prusya'dan teknik eleman ve yardım alarak 1696'da kaleyi tekrar kuşattı. Azak Kalesini müdâfaa için bırakılan beş yüz kadar asker, Deli Petro'nun yüz binlik ordusuna karşı altmış dört gün dayanabildi. Yardıma gönderilen kuvvetlerin zamanında yetişememesi üzerine Azak Kalesi 6 Ağustos 1696'da vire ile teslime mecbur oldu. Bu hal Sultan Mustafa Hanın ve bütün ülkenin büyük üzüntüsüne sebep oldu. Azak Kalesinin ikmâlini ihmâl eden ve yardıma memur edilip, zamânında yetişmeyen kumandanlar cezâlandırıldı. Kuban Nehri ağzına Açu'ya  kale yaptırılarak, Moskof yayılmasını durdurma çâresi düşürüldü.

İkinci Avusturya seferine 1696 baharında çıkan Sultan Mustafa Han kumandasındaki Osmanlı ordusui Saksonya Kralı Nalkıran Friedric ile General Heisler kumandasındaki düşman kuvvetleriyle 1696 yazında karşılaştı. 27 Ağustos 1696'da Olasch yakınlarında meydana gelen muhârebede şiddetli taarruzlar oldu. Düşman ordusu fazla dayanamayarak, yenildi. Tameşvar tekrar zaptolundu. Muzaffer padişah Avusturya'ya son ve kesin bir darbenin vurulması için yeni bir seferin lüzumuna inanıyordu. Ancak 17 Haziran 1697'de bu maksatla çıkılan sefer, sadrazam Elmas Mehmed paşa ile Tameşvar Muhâfızı Koca Câfer paşanın padişah'ı yanlış yola sevketmeleri sonucu Zenta bozgununa sebep oldu. Savaşta sadrazam Elmas Mehmed paşa ile on üç beylerbeyi ve binlerce asker şehit oldu. Sultan Mustafa Han süvâri kuvvetleriyle Tameşvar'a çekildi. Sadrazamlığa Amcazâde Hüseyin paşayı getirdi. Zenta bozgunun tesiriyle Osmanlı ordusunda disiplin kalmamıştı. bundan faydalanan Avusturya kuvvetleri Sav Nehrini geçerek Bosna eyâletini kadar girdiler. Saray Bosna şehrine kadar olan sahalar tahrip edildi. Ancak Bosna  beylerbeyliğine getirilen Daltaban Mustafa paşa Bosna'da bulunan Avusturyalılara taarruz ederek onları memleketlerine kadar sürmeye muvaffak oldu.

Zenta Vak'ası Osmanlı devlet adamlarını sulha tarafdar hâle getirdi. Avusturya da harbe tarafdar olmadığı için İngiliz ce Flemenk (Hollanda) elçilerinin tavassut teklifi her iki devletçe de kabul edildi. Karlofça'da antlaşma görüşmeleri devâm ederken, Sultan mustafa Han, hudut tecâvüzlerine karşı serdâr tâyin edilen sadrazam Amcazâde Hüseyin paşa kumandasındaki yüz bin Osmanlı ve otuz bin Kırım askerini Belgrad'a gönderdi. Akdeniz, Karadeniz ve Tuna donanmaları yeni gemilerle takviye edilerek, harekete hazır hâle getirildi. Semendre ve Belgrad önlerinde bekleyen Osmanlı ordusu, uzun süren görüşmeler üzerine Kasım 1698'de geri döndü. Uzun görüşmeler den sonra Avusturya, Venedik ve Lehistan, 26 Aralık 1699'da Karlofça Antlaşmasını imzâladı. Buna göre; Macaristan'la Erdel Avusturya'ya terk edilerek, Sava ve Unna nehirleri hudut kesildi. Mora, Dalmaçya ve Aya Mavri Adası Venediklilere Ukrayna ve Podolya Lehistan'a verildi. Rusya ile antlaşma 14 Temmuz 1700'de yapıldı. Azak Kalesi Ruslara bırakıldı.

Sultan Mustafa Han, Karlofça Antlaşmasından sonra askeri ve mâli teşkilâtlarla ıslâhat hareketlerine girişti. Donanmada çektiri usûlünün kullanılması terk edilerek kalyon sistemine geçildi. Bahriyenin ıslahı ve ihtiyaçlarının giderilmesi için bir kânunnâme ilan edildi. Ancak bilhassa kapıkulu ocakları arasında yapılan ıslâhatlar yeniçeri ve sipâhilerin hoşuna gitmedi. Bâzı devlet adamlarının tahrikiyle başlayan ayaklanma sonunda Sultan Mustafa Han 22 Ağustos !703'te tahttan indirildi. Saray geldiğinde kapıda kendisini feryâd ederek karşılayan Vâlide Sultanın elini öptükten sonra; ''Kul beni tahttan indirmişler, yerime karındaşım Sultan Ahmed'i padişah eylemişler. Allah mübârek eyleye, evlâtlarım kendisine Allah emâneti olsun.'' sözleriyle kendisine ayrılan özel dâireye çekildi. Mustafa Han, hizmetleri ortadayken karşılaştığı bu durumdan dolayı çok müteessir oldu. İstiskâ hastalığından da muzdarip bulunan Sultan, nihâyet 20 Aralık 1703'de vefât etti. Yeni Câmi yanında Vâlide Sultan Türbesine defnedildi. Babası Dördüncü Mehmed Han da bu türbededir.

 Dokuz yıla yakın Osmanlı sultanlığı yapan İkinci Mustafa Han muktedir ve dğerli  bir padişahtı. Ordulan başında  sefere giden son Osmanlı sultanıdır. Âlimlere ve hocasına karşı hürmeti çok fazlaydı. Edebiyâta meraklı olup Meftûni ve İkbâli mahlasıyla şiirler yazardı. İkinci Mustafa Hanın devrinde devlet adamları ve âlimler kıymetli ilmi ve sosyal müesseseler yaptırmışlardır. Hocası Seyyid Feyzullah Efendi, Fâtih'de yaptırdığı medrese ile değerli ve nâdide kitapların toplandığı bir kütüphâne, sadrazam Amcazâde Hüseyin paşa Saraçhâne'de bir medrese, kütüphâne ve çeşme, sadrazam Rami Mehmed paşa Eyüp'te bir mektep ile çeşme, Dâmâd Ali paşa bir kütüphâne yaptırmışlardır. Sultan Mustafa Hanın silâhtârı olan Çorlulu Ali paşa tarafından tersâne içinde iki katlı câmi yapılmıştır. Mihrabı üstüne Kâbe taşı yerleştirilmiştir. İkinci Mustafa Hanın hanımı Sâliha Sultan, oğlu Birinci Mahmûd Han zamânında Azapkapısı'nda sebil, çeşme, hamam ve mektep yaptırıp Arap Câmiin tâmir ettirerek genişletti. Câmide mevlid ve Kur'ân-ı kerim okunmasını vakfiyesinde belirtmiştir.